1、 自来也死掉是在第“自来也豪杰物语”中，在这一集里，自来也被自己的徒弟长门所杀。
2、长门利用轮回眼制造出了佩恩六道，自来也为了调查晓组织的秘密来到了雨忍村，调查中发现自己的徒弟长门就是晓组织的首领，长门利用痛苦来实现真正的和平，但是遭到了自来也的反驳，自来也最终决定打败他，但是佩恩的能力很强，自来也不清楚敌人的能力，一直处于下风。
3、后来自来也配合蛤蟆仙人使用了幻术将佩恩控制住，长门也因此被困，自来也说长门弄错了自己的方向，你也不是传说中的预言之子。随后自来也用大刀将佩恩的肚子切开了口子，以为这样就结束了，没想到后面又出现了另一个佩恩，将自己的手臂打断。